Será constante su empeño en promover la fundación de comunidades religiosas. : en 1857 tramita la llegada a Bilbao de las Religiosas de Nuestra Señora del Refugio, para la rehabilitación de las mujeres que habían caído en la prostitución y dos años después se interesa por la venida de las Religiosas de la Cruz. En 1871 promueve la fundación del colegio de las Carmelitas de la Caridad en Zumaya (Guipúzcoa), en 1878 llama a las mismas religiosas para abrir otra escuela en Deusto y en 1879 ayuda a los Pasionistas.
A partir de 1871 colaboró decisivamente con Santa María Josefa del Corazón de Jesús (1842-1912) en la fundación de la Congregación de las Siervas de Jesús de la Caridad, siendo el director espiritual de la misma.
Murió el 31 de enero de 1888 en Bilbao, y los testimonios de quienes lo conocieron proclaman su fama de santidad: “Esforcémonos todos para que el honrado y apostólico nombre de don Mariano José de Ibargüengoitia no se eclipse nunca y que su memoria nos sirva a todos de estímulo y aliciente para ejercitar el bien”.